Năm 1900, sau khi phong trào Nghĩa Hòa Đoàn bùng lên, Nghiêm Phục tạm lánh đến Thượng Hải và bắt đầu chú tâm vào công việc dịch thuật của mình. Tại đây, ông đã tham gia Trung Quốc nghị hội (zh)[lower-alpha 4] do Uông Khang Niên (zh) và Đường Tài Thường (zh; en) khởi xướng và được bầu làm phó hội trưởng đầu tiên.[39] Sau hai lần họp chính thức, hội đã đề ra vài khuynh hướng hoạt động chính, trong đó bao gồm: tôn sùng Quang Tự Đế, không thừa nhận phe phái của Từ Hi Thái hậu,[lower-alpha 5][40] nỗ lực tuyên truyền và thực hiện những cải cách chính trị mới.[41] Sau khi Liên quân tám nước tiến vào Bắc Kinh, Trung Quốc nghị hội đã từng thảo luận một lần về việc lập ra chính phủ mới, đề cử một người nhậm chức Đại Tổng thống. Ngày 22 tháng 8, trợ lý của hội là Đường Tài Thường đã bị Tổng đốc Hồ Quảng là Trương Chi Động bắt tại Hán Khẩu khi đang tổ chức lực lượng Tự lập quân (zh), hội dần giải tán.[42][43] Cũng trong năm này, Nghiêm Phục thành lập "Danh học hội" ở Thượng Hải để giảng dạy Logic học, đồng thời cũng bắt đầu phiên dịch những tác phẩm nổi bật của phương Tây về chủ đề này. Nhờ những bản dịch của Nghiêm Phục, đã có một lượng lớn từ mượn mới được du nhập vào Hán ngữ,[44] bao gồm những khái niệm, quan niệm trong Tây học.[lower-alpha 6][45]

Năm 1901, Nghiêm Phục được Trương Ký mời đến Thiên Tân quản lý sự vụ của Cục Khai thác quặng (开平矿务局, Khai bình khoáng vụ cục).[46] Nhưng chỉ một năm sau thì ông chuyển đến Bắc Kinh nhậm chức tổng biên soạn Cục phiên dịch (译书局, Dịch thư cục) của Kinh sư Đại học đường.[lower-alpha 7][47][48] Đầu năm 1904, Nghiêm Phục từ chức Tổng quản lý Cục khai thác quặng cũng như Tổng biên soạn ở Cục phiên dịch, quay về Thượng Hải để tiếp tục việc dịch thuật. Nhưng đến mùa đông cùng năm thì sự kiện tố tụng liên quan đến Cục phiên dịch xảy ra, ông bị phái đến Luân Đôn để hỗ trợ đàm phán.[49] Năm 1905, Tôn Trung Sơn từ châu Mỹ đến Anh, đặc biệt đến gặp Nghiêm Phục; hai người đã có một cuộc hội đàm khá dài về việc phát triển "dân trí".[50] Sau khi quay về Thượng Hải, Nghiêm Phục đã hỗ trợ Mã Tương Bá (zh; en) thành lập Trường công lập Phục Đán.[51][52] Một năm sau, ông trở thành hiệu trưởng thứ hai của trường học này. Cùng năm, Nghiêm Phục đã được Tuần phủ An Huy là Ân Minh mời đến Trường Sư phạm An Huy làm giám đốc. Năm 1907, không lâu sau khi Ân Minh bị ám sát, Nghiêm Phục cũng xin từ chức.[53] Năm 1908, Nghiêm Phục một lần nữa đến kinh thành, nhậm chức Tổng biên soạn Viện thẩm định danh từ của Bộ Học.[lower-alpha 8][54][55] Trong thời gian đảm nhiệm chức vụ tại Viện thẩm định, Nghiêm Phục đã đóng một vai trò quan trọng trong việc tiêu chuẩn hóa thuật ngữ khoa học ở Trung Quốc.[56]

Ngày 17 tháng 1 năm 1910, ông được triều đình nhà Thanh ban cho danh hiệu Tiến sĩ danh dự sau nhiều lần liên tiếp rớt kỳ thi Hương.[57] Cùng năm, ông lần lượt trở thành Hiệp Đô thống của Bộ Hải quân,[lower-alpha 9] Nghị viên của Tư chính viện.[lower-alpha 10] Năm 1911, Long Dụ Thái Hậu hạ chiếu chỉ yêu cầu các nha môn liên quan của Viện Điển lễ và Bộ Lễ sáng tác "Quốc nhạc". Đến ngày 4 tháng 10 cùng năm, Củng Kim Âu chính thức được ban hành.[60] Nghiêm Phục chính là người viết lời cho bài quốc ca này.[61] Tháng 5 năm 1912, Bắc Kinh đại học đường chính thức được đổi tên thành Đại học Quốc lập Bắc Kinh, Nghiêm Phục trở thành hiệu trưởng đầu tiên của trường đại học này.[62] Đây là giai đoạn mà Đại học Bắc Kinh gặp rất nhiều khó khăn, đặc biệt là mặt tài chính, nhưng Nghiêm Phục đã cố gắng để khắc phục, giúp Đại học Bắc Kinh vượt qua. Nghiêm Phục đã đưa ra một quan điểm mà ít nhà cầm quyền nào phản đối: "Bảo vệ Đại học Bắc Kinh là bảo tồn văn hóa Trung Quốc".[63] Tuy nhiên, đến tháng ngày 7 tháng 10 cùng năm, vì sự tranh đấu giữa các phe phái, Nghiêm Phục bị buộc từ chức.[64]